В дни, когда Ленин и ЦК РКП(б) боролись за заключение мира с Германией, над столицей Советской республики нависла грозная опасность нашествия немецких полчищ. Рабочий Питер стал под ружье. По декрету СНК от 28 января создавалась Красная Армия, на фронт уходили отряды добровольцев. Руководство подготовкой к защите Петрограда было поручено специально созданному Комитету революционной обороны ПеКогда нужный человектрограда во главе с Я. М. Свердловым. Членом этого комитета был и С. В. Косиор. Он участвует в формировании первых частей и соединений Красной Армии. Вскоре Косиор выезжает на Украину, которую оккупировали германские империалисты.

19—20 апреля 1918 года в Таганроге состоялось совещание членов большевистской фракции ЦИК Советов Украины и партийных работников, высказавшееся за объединение большевистских организаций Украины в Коммунистическую партию Украины. Совещание решило созвать I съезд КПУ. С. В. Косиор, принимавший участие в этом совещании, был избран в организационное бюро по созыву съезда. Съезд работал в Москве 5—12 июля 1918 года под руководством В. И. Ленина. Провозгласив создание Коммунистической партии (большевиков) Украины, съезд избрал ее руководящие органы. В состав ЦК КП(б)У вошли А. И. Буценко, А. С. Бубнов, В. П. Затонский, Э. И. Квиринг, С. В. Косиор, Л. И. Картвелишвили и другие. I съезд в резолюции «О партии», провозгласив, что КП(б)У входит в единую Российскую Коммунистическую партию (большевиков), продемонстрировал верность украинских коммунистов ленинским принципам пролетарского интернационализма.

В сложных условиях украинской действительности КП(б)У нелегко было выработать правильную политическую линию и тактику. Среди отдельных руководящих работников в это время шли горячие споры по национальному вопросу, о роли повстанческого движения в борьбе против оккупантов и по ряду других вопросов. ЦК РКП(б), В. И. Ленин заботливо исправляли ошибки и колебания таких товарищей.

«Кроме нас, из которых одни левили, другие правили, делали ошибки и т. д.,— вспоминал впоследствии С. В. Косиор,— существовал еще ЦК РКП(б) и Владимир Ильич Ленин, который каждый раз, когда мы приезжали на съезд, вызывал руководящую группу к себе и на протяжении нескольких часов выслушивал все наши споры и т. д., и после этого слово РКП(б) в отношении руководства выполнялось и вопрос был кончен».

Центральный Комитет Коммунистической партии Украины многое сделал по собиранию сил украинских коммунистов, созданию подпольных партийных организаций, возглавивших повстанческую борьбу против оккупантов. Только за три месяца перед I съездом было создано 140 подпольных организаций, а ко II съезду (октябрь 1918 года) — 60 ревкомов. Во всем этом — немалая заслуга Косиора.

В конце лета 1918 года гнев народа против оккупантов, грабивших и терзавших Украину, достиг наивысшей точки. В разных концах республики вспыхивали забастовки, вооруженные выступления.

8 сентября 1918 года в городе Орле под председательством Косиора собрался 4-й пленум ЦК КП(б)У. Ему предстояло обсудить вопрос о руководстве развернувшимся на Украине повстанческим движением.

С. В. Косиор, выступая на пленуме, показал глубокое понимание обстановки на Украине. Рассказав о положении в Киевской и Полтавской губерниях, откуда он приехал на пленум, Косиор заявил:

— Я виделся со многими товарищами — руководителями повстанческих отрядов. Силы этих отрядов растут, но им не хватает централизованного руководства. Мало мы также ведем работу среди населения и солдат оккупационной армии.

Пленум принял решение: не ограничиваясь ведением партизанской войны, развернуть широкую пропаганду среди трудящихся и солдат оккупационной армии.

После пленума почти все руководящие работники ЦК КП(б)У ушли в глубокий тыл врага для непосредственного руководства деятельностью подпольных партийных организаций. Станислав Викентьевич был направлен в Киев, где должен был отбирать людей для подпольной деятельности на территории врага. Косиор хорошо знал Киев, в то время как его там знали мало. Это уменьшало риск провала в переполненной оккупантами и петлюровцами столице Украины.

Перейдя линию фронта с помощью партизан-повстанцев, Косиор к вечеру теплого осеннего дня был уже на Крещатике. Здесь в условленном месте он встретился со связным, который должен был отвести его на конспиративную квартиру. Недалеко от дома, где находилась эта квартира, провожатый Косиора вдруг остановился.

— Нет, туда мы не пойдем,— сказал он.— Вы лучше поезжайте в другое место. Вот вам явка... И скорее... Наймите извозчика и поезжайте.

Ничего не объяснив больше, провожатый скрылся Косиор не сразу пришел в себя от удивления. Но, подумав, что связной был, видимо, кем-то опознан, постарался поскорее затеряться в толпе, а затем направился по указанному адресу.

Каково же было его удивление, когда, приехав на место новой явки, он обнаружил, что его направили в дом настоятеля Михайловского монастыря! Но делать было нечего: постучав в калитку, Косиор вслед за привратником смело вступил в настоятельские покои.

Дальнейшее было похоже на нечто фантастическое, Выслушав приветствие-пароль, заспанный служка вынул из кармана связку ключей и, подавая ее Косиору, пробормотал:

— Пройдешь через двор, будет трапезная, откроешь ее вот этим ключом, войдешь и закроешь за собой дверь. Потом пойдешь через трапезную, будет коридор. Пройдешь по коридору до конца, будет келья с открытой дверью. Там койка, хлеб и вода. Поешь, поспишь. Завтра будешь уходить, ключ оставишь в двери.

Свою первую ночь в Киеве Косиор провел в монашеской келье. Наутро, выйдя за монастырскую стену, он увидел лихача извозчика. Это был его вчерашний проводник. По пути на новое место явки проводник объяснил ему, что вчера, подходя к первой квартире, он увидел сигнал опасности и направил Косиора во вторую, запасную квартиру.

Нелегальная жизнь и деятельность Косиора в Киеве была напряженной. Каждый день он менял свое местопребывание. И только для встреч с товарищами приходил в одно и то же место — на Димитровскую улицу, дом № 83. Здесь на втором этаже дома, часть которого выходила в большой сад, снимала квартиру молодая коммунистка-подпольщица Маруся Зарембо (М. И. Бондаренко).

Маруся жила одна с грудным ребенком. Когда Косиор впервые пришел к ней и произнес условленную фразу: «Здесь нужна детская коляска?» — Маруся, предупрежденная, что к ней должен прийти член ЦК по имени Борис, вдруг растерялась. Рядом с ее домом была аптека, в которую она несколько раз заходила и видела там небольшого роста лысого провизора. И вот теперь пароль члена ЦК произносил человек, внешне очень похожий на того самого провизора. Было от чего растеряться! Но дальнейшая беседа рассеяла подозрения Маруси. Скоро Косиор, живший в Киеве под кличкой Борис, обосновался в ее квартире.